(İng. nested) Amplifikasyon özgünlüğünü arttırmak ve özgün olmayan primer bağlanmasını azaltmak için kullanılan iki aşamalı PZR dır. Birinci PZR sonucunda oluşan elde edilen tüm amplikonlar, ikinci PZR için kalıp nükleotid molekülleri olarak kullanılır.