El Niño terimi ilk olarak Ekvador ve Peru kıyılarında gerçekleşerek yerel balıkçılık faaliyetlerinde aksamalara yol açan periyodik sıcak su akıntısını tanımlamak için kullanılmıştır. Bunu takiben, Pasifik Okyanusu'nun tropik bölgesinde ve tarih değiştirme çizgisinin doğusunda kalan havzasındaki ısınmayı belirtmek için adı geçmeye başlamıştır. Bu okyanusal olay, Güneyli Salınımı adı verilen küresel ölçekteki tropik ve tropik-altı yüzey basıncındaki dalgalanma ile bağlantılıdır. Genellikle 2-7 yıl arasındaki zaman periyotlarında gerçekleşen bu birleşik atmosfer-okyanus olayına, El Niño Güneyli Salınımı denilmektedir. Bu salınım, genellikle ekvatoral Pasifik'in merkezi ve doğu bölgelerindeki deniz yüzey sıcaklığı ya da Tahiti ile Darwin arasındaki yüzey basınç farklılığının karşılaştırılması ile ölçülmektedir. El Niño Güneyli Salınımı sırasında, hüküm süren alize rüzgarları etkisini yitirmekte, bunun sonucunda deniz yüzey sıcaklıklarının artmasıyla yukarıya doğru akıntı ve diğer okyanus akıntıları azalmakta ve nihayetinde alize rüzgarları daha da hafiflemektedir. Bu olay; tropikal Pasifik'te rüzgar, deniz yüzey sıcaklığı ve yağış rejimi üzerinde çok büyük etkilere sahiptir. Küresel uzakbağlantılar kanalıyla bu salınım, tüm Pasifik bölgesi ve Dünya'nın diğer bölgelerindeki iklim üzerinde etki göstermektedir. El Niño'nun soğuk fazına La Niña adı verilmektedir. Karşılık gelen endeksler için bkz. WGI AR5 Kutucuk 2.5.