Genlerin fiziksel yapılarını, kesin olarak ortaya koyabilmek amacıyla, genomik DNA`nın klonlanmış parçalarının düzenlenmesiyle oluşturulurlar. Çok yüksek çözünürlükte olduklarından ayrıntılı analize imkan tanır. Fiziksel haritalamanın en son hedefi DNA baz dizisinin çıkarılmasıdır. Ancak geniş DNA bölgelerinin dizi analizinin yapılması teknik açıdan güç olduğu için haritalamada çözünürlüğü 1 Mb`dan daha aza indiren iki ana yöntem geliştirilmiştir. Bu yöntemler kullanılarak “Restriksiyon Haritalama” ve doğal olarak uzatılmış ya da yapay olarak uzatılmış kromatin ya da DNA iplikçiklerinde yüksek çözünürlüklü FISH’dir.

Bakınız: sitolojik harita