Blokzinciri bloğunda yer alan ve kriptografik özeti (hash) alınmış işlemlerin, tek bir kriptografik özet elde edilene kadar birbirleriyle eşlenerek kriptografik özetinin çıkarıldığı ağaç yapısıdır. İşlem listesinde yer alan her işlem, kendinden sonraki işlem ile birleştirilerek hash'lenir. Bu işlem, listede tek bir işlem kalana kadar devam eder.

Merkle ağacı, bilgisayar bilimlerinde ve kripto alanında saklanan veya iletilen verilerin bütünlüğünü doğrulamak için kullanılan veri yapısıdır.