GBOK’un ana görevi, Türkiye-AB arasındaki gümrük birliğinin işleyişiyle doğrudan ilgili alanlarda öngörülen mevzuat uyumunu gerçekleştirmektir. Bu hedefe ulaşmak için bir danışma süreci oluşturarak, bu konularda bilgi ve görüş alışverişini yönlendirir; Ortaklık Konseyi’ne tavsiyelerde bulunur. Ayda bir düzenli olarak toplanır.