(Lat. haplous+eidos) Kromozomlar üzerinde birbirine yakın ve birlikte kalıtılan alleller. Haplotipte bir veya birkaç lokus olabileceği gibi lokuslar arasındaki rekombinasyon sayısına bağlı olarak kromozomun tamamı da olabilir. Haplotipler, istatistiksel olarak ilişkili olan bir kromozom üzerindeki SNP (tek nükleotid polimorfizmi) gurubu anlamına da gelebilir. Bir haplotip bloğundaki bir kısım allellerin tanımlanması ve ilişkilerin belirlenmesi kabaca o lokusun tamamındaki polimorfik alanların tanımlanması anlamına gelebilir. Bu bilgi yaygın genetik hastalıkların arakasında yatan genetik mekanizmaların belirlenmesinde kullanılabilir.