AB içinde bazı konular – örneğin güvenlik ve savunma konuları – sadece hükümetlerarası anlaşma ile kararlaştırılır (yani AB ülkelerinin hükümetleri arasında anlaşma) ve ‘Topluluk metodu’ kullanılmaz. Bu hükümetlerarası kararlar Avrupa Birliği Konseyi’nde bakanlar toplantısında veya en yüksek düzeyde Avrupa Devlet ve Hükümet Başkanları Konseyi olarak toplanan AB ülkelerinin başbakanları ve/veya cumhurbaşkanları tarafından alınır.