Tek nükleotid polimorfizmi, DNA dizisinde tek nükleotidde (-A, G, C veya T) meydana gelen değişikliklerdir. Örneğin; AAGCCTA dizisinin AAGCTTA dizisine dönüşmesi tek nükleotid polimorfizmi olarak adlandırılır. Genellikle iki allel içerirler ve kodlama yapmayan bölgelerde bulunurlar.