Denetlenen sürecin ya da birimin (sistem) amaçlarına ulaşmasını sağlamada iç kontrol sistemlerinin yeterlik ve etkinliğinin değerlendirilmesidir. Diğer bir ifadeyle, denetlenen birimin faaliyetlerinin ve iç kontrol sisteminin; organizasyon yapısına katkı sağlayıcı bir yaklaşımla analiz edilmesi, eksikliklerinin tespit edilmesi, kalite ve uygunluğunun araştırılması, kaynakların ve uygulanan yöntemlerin yeterliliğinin ölçülmesi suretiyle değerlendirilmesidir. Kamu idarelerinde uygulanacak iç denetim uygulamalarından birisi olan sistem denetiminde iç kontrol sistemi bir bütün olarak değerlendirilir ve iç kontrol bileşenlerinin var olup olmadığı incelenir. (Kamu İç Denetim Rehberi)